En 1896, siendo soldado en la guerra contra Cuba publicó un artículo con el seudónimo «Escipión» reclamando la autonomía para la isla y comenzó a escribir cartas en las que criticaba las operaciones militares y la política de Weyler. Descubiertos sus textos fue acusado de alta traición y encarcelado en la fortaleza de La Cabaña hasta mediados de 1899.

De regreso a España trabajó en las redacciones de El Pueblo (Valencia), Vida Nueva (Madrid), El País (Madrid), El Progreso (Zaragoza) y militó en el republicanismo.

Entre 1903 y 1910 publicó cuatro libros autobiográficos: El libro de la vida trágica: del cautiverio (1903) sobre su estancia en la prisión colonial y que fue un auténtico éxito; El libro de la vida doliente: del hospital (1906); El libro de la crueldad: del cuartel y de la guerra (1906) y El libro de la decadencia: del periodismo y la política (1907); dos de denuncia social en la serie «Las luchas de nuestros días»: Los vencedores (1908) y Los vencidos (1910); y la novela La romería (1909).

Ingresó en el Partido Socialista Obrero Español (PSOE) en noviembre de 1909, poco antes de abandonar España rumbo a París. Recorrió el norte de África como enviado especial de El Pueblo y, finalmente, regresó a Madrid en 1917 donde se incorporó a la plantilla de El Imparcial como analista de política internacional.

En 1928 y 1929 fue director de La Voz de Aragón (Zaragoza). Desligado años antes del PSOE, con la llegada de la 2ª República se aproximó al partido de Manuel Azaña, Izquierda Republicana, y compaginó su carrera periodística con el puesto de Gobernador civil en Baleares (desde el 16 de febrero de 1933 al 21 de diciembre de 1935), Santander (22 de febrero a 3 de junio de 1936), Lugo (3 de junio a 5 de julio de 1936) y Ávila, donde le sorprendió el golpe militar del 18 de julio. Detenido y supuestamente “liberado” el 4 de agosto, el cadáver de Manuel Ciges apareció en la madrugada del día 5 cerca del cementerio de la ciudad con un tiro en la cabeza.